奈良時代和銅年間(708～715)元明天皇勅命により鎮護国家の道場として草創され、和銅寺と号した。
延暦年間、傳教大師最澄上人、比叡山を開創され、堂舎建立の用材を甲賀の地に求められた。
材木を切り出し横田川(野洲川)河岸に筏を組み、いざ流し下す段になったが日照り続きの為、河水少なく思うように材を流すことができなかった。
大師請雨祈祷の為、浄地を探されたところ、岩根山中腹より一筋の光が目に射し込み、その光りに誘われるまま当地に登られた。
山中に堂が有その東側に百伝池あり、池中より一寸八分、閻浮檀金の薬師仏を勧請され、その薬師仏を本尊として請雨の祈祷を修すること七日間、満願の日に当たって大雨一昼夜降り続き、流の勢いのまま、材は川を下り琵琶湖の対岸比叡の麓に着岸したと云う。
後に、京の都で桓武天皇御悩の際、大師，霊仏出現の池水を以って薬師仏の宝前にて病気平癒の祈祷、医王善逝の秘法を修すること七日、満行なってこの霊水を天皇に献上されたところ、御悩忽ち平癒された。この縁に依って岩根山善水寺の寺号を賜わったという。
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